电视剧《疑犯追踪》第二季讲述一名中情局特工伪造自己的死亡后，与一位神秘富豪联手对抗最危险的罪犯的故事。他们都坚信，现有司法体系无法制止这些穷凶极恶之徒，唯一维持正义的方式就是以暴制暴。

故事的主角是一位“法律上已宣布死亡”的前CIA特工，他受雇于一位神秘的亿万富翁，以私人力量来打击犯罪，维护社会的安宁。这位特工名叫Reese，由卡维泽扮演。他接受了特殊的培训，吸引了软件天才Finch（由爱默生饰演）的注意。Finch发明了一种能够识别即将实施暴力犯罪的模式的程序。两人运用这一国家最先进的监视技术，游走在法律之外，利用Reese的特工技能和Finch的巨额财富，揭开犯罪嫌疑人的神秘面纱，并在犯罪发生之前加以制止。

然而，Reese的行动引起了NYPD（纽约警局）的关注，包括凶杀科的侦探Carter和曾经与Reese合作的警官Fusco。Reese和Finch逐渐认识到，在这个私人隐私被肆意侵犯，每个人都在政府的“老大哥”监视下的时代，只要掌握正确的信息、在正确的时间找到正确的人，就有可能阻止犯罪，改变一切。