故事背景设定在天界和凡间，钱塘潮神因酗酒醉酒，与美人鱼在湖面嬉戏，引发了一场很大的水患，导致江岸万民伤亡。太阴真君见不忍生灵涂炭，前来阻止，却与潮神陷入惨烈的厮杀。太阳星君也介入战斗，阴阳二星君联手，却使凡间的水患日益严重。南海观音的干预才了结了这场灾难，她将钱塘潮神打入凡间，并命令两位星君下凡，降伏妖孽，拯救苍生。然而，这一系列事件却使太阳太阴之间的感情纠葛更加错综复杂

二十年后，鞑靼大将殷不凡与夫人姚明月合谋诛杀，推翻了蒙古王朝，意图攻占中原，统一天下。鞑靼王子波娜娜则亲眼目睹了兄长的遇害，艰难逃往中原，希望从而给与帮助，报仇雪恨，重振王室的荣光。

与此同时，史天云在母舅刘三的随同下，前往京城参与殿试考试，追求功名，展现出了卓越的才气，他的命运也将与太阴太阳之间的纠葛情仇紧密相连。

《三剑奇缘》将带领观众走入一个充满仙侠和爱恨纠葛的世界，故事中的人物将在命运的动荡中找寻自己的使命和真爱。这部影片将会充满着惊悚刺激的科幻场面和令人感动的感情故事，为读者展现一场视觉和心灵的狂欢。