电影《名侦探柯南：江户川柯南失踪事件史上最惨的两天》为观众带来了一场充满秘密和阴谋的故事。在这个电影中，江户川柯南、小兰、灰原哀和阿笠博士将迎来一场惊险的冒险，一个个谜团将逐渐揭开，引发观众的思考和猜测。

一切始于阿笠博士家的浴室故障，导致江户川柯南不得不与小兰、灰原哀一同前往大众浴池洗澡。然而，在洗澡期间，柯南意外滑倒并撞到了头部，接着被两名神秘的陌生人带走。这一系列的事件引发了混乱，柯南的身份成为了谜团的关键。

随后，天才诈欺师娜娜和神秘杀手近藤出现在故事中，他们将失去记忆的柯南带到一处隐蔽的别墅，并伪装成柯南的父母。与此同时，阿笠博士和灰原也陷入了严重的车祸，使得他们的情况变得更加复杂。娜娜所属的犯罪团伙似乎策划了一起炸弹恐怖袭击，而这一事件将引发更大的危机。

与此同时，一名杂志编辑水岛早苗开始怀疑自己的丈夫近藤有外遇，并找到了毛利小五郎来调查丈夫的行踪。这一情节使得故事的线索更加交织复杂，观众将跟随各个角色的视角，一起解开这个错综复杂的阴谋。