故事围绕着瑞可、阿琪和思思这三名女孩展开，她们是隶属于国际安全组织J集团的超级特工。白天，为了保守秘密，她们伪装成美丽迷人的女性，过着普通的生活；而夜幕降临后，她们则化身为身怀绝技的美女特工，执行着“干妈”查夫人交付的任务。

然而，她们并不知道，查夫人向她们隐瞒了一个巨大的秘密，一个阴谋正在悄悄进行中。原来，她们并非普通人，而是查夫人克隆出来的工具，用来进行复仇。她们被操控，毫不知情，完全受查夫人摆布。

一切开始改变的时刻是当屌丝青年阿枫闯入了她们的生活。阿枫与她们似乎产生了无数巧合的联系，引导着三个女孩逐渐揭开真相的面纱。她们被逐渐卷入阿枫设计的“局”中，不知不觉地，一场正义与邪恶的角力、情感与理智的斗争正在悄然上演。

电影《克隆特工之极限对决》通过复杂的情节和角色之间的关系，展现了一个扣人心弦的故事。身份之谜和正邪之间的斗争让观众陷入了紧张的氛围中，同时也引发了对道德和正义的思考。这部电影告诉我们，有时候，真相并不总是表面看起来那样简单，而正义需要不断的追求和捍卫。