《古畑任三郎SP6凶手是大使阁下》这部悬疑片讲述了驻南美某国的日本大使馆发生的一起离奇案件。大使黛竹千代（松本幸四郎饰）以其冷酷无情和奢侈浪费的生活方式引起了当地民众的不满，他利用职务之便大肆敛财。在外务大臣即将访问的重要时刻，参事川北健（及川光博饰）计划召开媒体恳谈会，公布大使的罪行。然而，他却因此引来了杀身之祸。

与此同时，古畑任三郎（田村正和饰）在南美洲度假期间遭遇了麻烦，他的护照被猴子偷走，被迫滞留。幸运的是，他遇到了无处不在的花田（八岛智人饰），找到了临时的住所。不久之后，川北被绑架，并收到了一封勒索信函。然而，这封信件中存在着许多疑点，引起了古畑刑警的怀疑。

古畑任三郎展开了他的侦探工作，揭开了背后的阴谋。他发现大使馆内部隐藏着许多不可告人的秘密和复杂的人际关系。在调查的过程中，他遭遇了危险和阻碍，但他坚持不懈，努力追求真相。

这部电影以悬疑和推理为核心，通过精心构建的剧情和扣人心弦的情节吸引观众。观众将跟随古畑任三郎一起解谜，一步步揭开真相的面纱。同时，电影也探讨了权力腐败和人性的主题，引发观众对社会伦理和正义的思考。