电影《五更寒》带领观众回到了1946年，那是一个充满战火和决斗的年代。故事背景设定在大别山区，蒋介石调集了二十万人马进攻中原解放区，解放军主力部队不得不进行战略转移，留下的是大别山区的一支坚决游击队，他们的领袖是县委刘书记。

在1946年，蒋介石破坏停战协定，集结了超过二十万的庞大军队，向中原解放区展开了进攻。解放军主力部队为了保护中原，胜利突围，进行了战略性的撤退，进入了豫陕地区。这一时刻，大别山地区再次陷入了反动派的统治之下，局势危急。

然而，大别山的希望在于坚守地下武装斗争的勇士，其中有县委刘书记、县委组织部长莫文阶、武装部指挥长施品春等。他们一起部署并开展了坚决的武装斗争，不让敌人轻易进入大别山，同时协助支援正面战场的作战。然而，莫文阶受到了亲戚莫保长的诱惑，可耻地叛变了革命，破坏了整个县的地下组织。县大队几乎全军覆没，只有游击队员罗文川、南果祥等为数不多的人幸免于难，他们不得不深入山林，坚持游击斗争。

故事中出现了一个恶名昭彰的民团团长黄胖子，他是地头蛇中的恶霸，根据莫文阶提供的情报，大肆杀害共产党人和无辜百姓。同时，南果祥的妻子、共产党员穆英也在这一时刻被捕。